Para extraer una mezcla de fragmentos de ADN, coloque a través de un instrumento de PCR para hacer una purificación simple. Retire el nucleótido único DDNTP fluorescente libre, dejando un fragmento de ADN de cierta longitud, que puede secuenciarse en la máquina. Primero se inyecta una solución de poliacrilamida en un capilar hueco durante el proceso de secuenciación. Luego, la solución de poliacrilamida se ionizó por irradiación de la luz UV para generar una reacción de polimerización. El gel de poliacrilamida produce un efecto de separación debajo del campo eléctrico para iniciar la electroforesis de nucleótidos. El movimiento electroforético de fragmentos de ADN cortos es rápido, y el movimiento electroforético de largos fragmentos de ADN es lento. La mezcla de fragmentos de ADN se mueve de una carga negativa a una carga positiva bajo la acción de un campo eléctrico en un capilar que contiene un gel de poliacrilamida. El extremo positivo del capilar se irradia con un láser de estado sólido, y un sensor óptico espectroscópico registra las diferentes intensidades de fluorescencia. Cada fragmento de ADN, al pasar por el punto de escaneo láser, tiene un grupo fluorescente, que emitirá un color fluorescente específico.
Porque en el proceso de reacción de polimerización anterior, el punto de partida de la reacción de polimerización comienza desde una posición de cebador específica. Por lo tanto, el fragmento de ADN que alcanza primero el punto de escaneo láser de la electroforesis es el fragmento más corto, por lo que su posición de terminación de polimerización estará más cerca de la posición de inicio de polimerización. Por lo tanto, el color fluorescente refleja cuál de las bases en su extremo 3 'es A, T, C y G.
Por el contrario, cuanto más lenta sea la electroforesis de los fragmentos de ADN alcanza el punto de escaneo láser, más largos son los fragmentos de ADN. Como resultado, su sitio de terminación está más lejos de la posición inicial del cebador. Finalmente, se obtiene un mapa de cuatro colores.
